口腔内有很多正常的及致病的细菌存在。当牙面上粘接有矫治器后，不利于牙面的自洁作用，妨碍刷牙。如果牙齿刷得不好，牙齿间残留有食物，则细菌大量繁殖；且正畸治疗时牙齿和牙周组织的抗病能力有所下降，口腔卫生不良会导致牙齿和牙周比平时更容易患牙龈炎、牙周炎、牙齿脱钙及龋齿等，出现牙龈肿胀、出血、口腔异味等症状。久而久之如果炎症累及牙槽骨，则可出现牙齿松动，从而造成严重后果。

牙齿脱钙

牙龈红肿

口腔卫生不良不仅影响口腔健康，也妨碍矫正治疗的进行，对于不能很好保持口腔卫生的患者，为不影响口腔健康，医生将终止治疗。
因此，患者在矫治过程中要认真刷牙，保持良好的口腔卫生，早晚及饭后必须刷牙，可选用特制的正畸牙刷。将牙齿的的软垢及存留的食物残渣仔细刷干净，以防止龋齿的发生。尤其是戴固定矫治器，不容易清洁，每次刷牙时一定要干净彻底，不能应付差事，草率了事。活动矫治器每天也要刷洗干净，否则时间一长会有异味。除了上述要注意的事项外，要减少吃零食和糖果的数量，尤其是香口胶，因为香口胶黏着于矫正器上，则难以清除。定期做口腔检查和洗牙。
但也有许多患者通过正畸治疗养成了良好的口腔卫生习惯，受益终身。正畸医生会在治疗的始终指导、督促患者，正确、认真的刷牙；教患者如何使用牙线等口腔清洁工具。通过矫正求美者不仅拥有一口整齐漂亮而且是健康的牙齿。