我院的前身是建立于1932年的复旦大学牙医系，1952年院系调整时，建立了上海第二医科大学口腔医学系，是新中国成立之后全国最早建立的四个口腔医学系之一。在此基础上于1987年成立了上海第二医科大学口腔医学院。1994年经上级批准，上海第二医科大学附属口腔医院正式挂牌。2005年更名为上海交通大学口腔医学院。

　　 我院拥有口腔门诊综合治疗椅156台，口腔颌面外科病床100张。口腔医学院设有六个口腔临床教研室，一个口腔基础教研室。其中基础教研室下设有八个教研组。拥有博士生导师15名，硕士生导师28名。